研究概要・成果Outline / Result
WURCS 2.0 Update To Encapsulate Ambiguous Carbohydrate Structures
Masaaki Matsubara, Kiyoko F Aoki-Kinoshita, Nobuyuki P Aoki, Issaku Yamada*, Hisashi Narimatsu
J Chem Inf Model. 2017 Apr 24;57(4):632-637.
https://doi.org/10.1021/acs.jcim.6b00650
論文概要
国際糖鎖構造リポジトリに関する合意
構造の曖昧さを正確に表現することは、様々なレベルの曖昧さを含む糖鎖構造を文献やデータベースに格納するために重要です。過去に多くの糖鎖構造の表現方法が開発されてきたが、論文で報告される全ての糖鎖構造を表現可能な形式は存在しなかった。我々は以前、糖鎖構造の汎用的でユニークな線形表現を定義する試みとして、Web3 Unique Representation of Carbohydrate Structures（WURCS）を開発した[1]。しかし、曖昧な構造を一意に表現するためのルールが十分ではなかった。本論文では、このような曖昧な単糖構造を扱えるようにWURCSを更新した。特に、糖鎖解析に付随する構造の曖昧さを扱うために、原子レベルの曖昧さを含む単糖の骨格炭素の表現を定義した。その結果、WURCS2.0は、閉環が未定義な単糖構造や単糖の情報としてアノマー情報のみが知られているような、曖昧な単糖を含む糖鎖構造をより幅広く表現することができることを示した。この新しいフォーマットは、これまで不可能であった糖鎖の表現を可能にし、現在、国際糖鎖構造リポジトリGlyTouCan[2]で使用されている。
参考文献
[1] WURCS: the Web3 unique representation of carbohydrate structures.
Tanaka K, Aoki-Kinoshita KF, Kotera M, Sawaki H, Tsuchiya S, Fujita N, Shikanai T, Kato M, Kawano S, Yamada I, Narimatsu H. Journal of Chem. Inf. Model., 2014 ,54(6):1558-66.
[2] The international glycan repository GlyTouCan version 3.0.
Akihiro Fujita, Nobuyuki P Aoki, Daisuke Shinmachi, Masaaki Matsubara, Shinichiro Tsuchiya, Masaaki Shiota, Tamiko Ono, Issaku Yamada, Kiyoko F Aoki-Kinoshita. Nucleic Acids Research, 49, D1529-D1533 (2020).
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