糖鎖構造の可視化ではSymbol Nomenclature for Glycans (SNFG)[1]が国際標準となっている。我々は独自に開発した線形糖鎖構造文字列表記法WURCS[2]で記述された糖鎖構造を可視化するためにSNFGを利用するツールとしてSugarDrawer[3]、GlycanBuilder2[4]、GlycanBuilder2&Webの開発を行っています。これらのツールは、一般的な糖鎖構造をテンプレートから呼び出すこと、WURCSなどの文字列表記を読み込んでその糖鎖構造を可視化すること、これらの方法で可視化した糖鎖構造についてツールを用いて編集することができます。また、可視化した糖鎖構造についてデータベースを検索する機能も開発しています。
SugarDrawerのスクリーンショットGlycanBuilder2WebのスクリーンショットGlycanBuilder2Webによるデータベース検索
参考文献
Updates to the Symbol Nomenclature for Glycans guidelines.
Neelamegham S, Aoki-Kinoshita K, Bolton E, Frank M, Lisacek F, Lütteke T, O’Boyle N, Packer NH, Stanley P, Toukach P, Varki A, Woods RJ; SNFG Discussion Group.,
Glycobiology. 2019 Aug 20;29(9):620-624. doi: 10.1093/glycob/cwz045.
PMID: 31184695
WURCS 2.0 Update To Encapsulate Ambiguous Carbohydrate Structures.
Matsubara M, Aoki-Kinoshita KF, Aoki NP, Yamada I, Narimatsu H.
J Chem Inf Model. 2017 Apr 24;57(4):632-637. doi: 10.1021/acs.jcim.6b00650.
PMID: 28263066
SugarDrawer: A Web-Based Database Search Tool with Editing Glycan Structures.
Tsuchiya S, Matsubara M, Aoki-Kinoshita KF, Yamada I.
Molecules. 2021 Nov 25;26(23):7149. doi: 10.3390/molecules26237149.
PMID: 34885724
Implementation of GlycanBuilder to draw a wide variety of ambiguous glycans.
Tsuchiya S, Aoki NP, Shinmachi D, Matsubara M, Yamada I, Aoki-Kinoshita KF, Narimatsu H.
Carbohydr Res. 2017 Jun 5;445:104-116. doi: 10.1016/j.carres.2017.04.015.
PMID: 28525772
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