糖鎖表記形式
糖鎖構造を研究者に認識しやすく可視化する方法としては、IUPAC-IUBMBによる表記法[1]として文字列を利用した手法が知られている。しかし、より認識しやすくするために、これまでにシンボルを用いて糖鎖構造を可視化する手法としてCFGやOxford形式が開発されてきた。さらに、糖鎖生物学の教科書として知られるEssentials of Glycobiology[2]により糖鎖構造を可視化する手法として、Symbol Nomenclature for Glycans (SNFG)[3, 4, 5]が開発された。SNFGは、CFGなどの従来のシンボル表記では記述できないような糖鎖構造も表記できるように改良が加えられ、現在では糖鎖構造のシンボル表記の標準となっている。SNFGの更新には国際的なグループである「SNFG Discussion Group」による議論を経て行われる。そこで「SNFG Discussion Group」に参加し、SNFGの更新の議論に積極的に参加し、線形糖鎖構造文字列表記法WURCSで記述された糖鎖構造の可視化や糖鎖構造の可視化ツール開発に議論の成果を活かして各種ツールの開発を行っています。
参考文献
- NOMENCLATURE OF CARBOHYDRATES
Pure & Appl. Chem., Vol. 68, No. 10, pp. 1919-2008, 1996.
https://iupac.qmul.ac.uk/2carb/
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK579918/
- Updates to the Symbol Nomenclature for Glycans guidelines.
Neelamegham S, Aoki-Kinoshita K, Bolton E, Frank M, Lisacek F, Lütteke T, O’Boyle N, Packer NH, Stanley P, Toukach P, Varki A, Woods RJ; SNFG Discussion Group.
Glycobiology. 2019 Aug 20;29(9):620-624. doi: 10.1093/glycob/cwz045.
PMID: 31184695
- Symbol Nomenclature for Graphical Representations of Glycans.
Varki A, Cummings RD, Aebi M, Packer NH, Seeberger PH, Esko JD, Stanley P, Hart G, Darvill A, Kinoshita T, Prestegard JJ, Schnaar RL, Freeze HH, Marth JD, Bertozzi CR, Etzler ME, Frank M, Vliegenthart JF, Lütteke T, Perez S, Bolton E, Rudd P, Paulson J, Kanehisa M, Toukach P, Aoki-Kinoshita KF, Dell A, Narimatsu H, York W, Taniguchi N, Kornfeld S.
Glycobiology. 2015 Dec;25(12):1323-4. doi: 10.1093/glycob/cwv091.
PMID: 26543186
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/glycans/snfg.html
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